대한의사협회의 내부에서는 단일대오를 형성하려는 의지와는 별개로, 차기 회장과 비상대책위원회 간의 의견이 지속적으로 교차하는 상황이 발생하고 있다. 이는 양측이 같은 목표를 지향한다고 공언하면서도, 실제로 추진하려는 방향성에서 불일치를 보이고 있다는 점에서 비롯된다.

2024년 4월 8일, 임현택 대한의사협회장 당선인은 이전에 한 번 철회했던 비상대책위원장 겸직 의지를 재차 표명했다. 이는 김택우 현 비대위원장이 주도하는 비대위의 결정과 행동이 자신의 의지와 여러 번 상충하고, 이로 인해 대내외적으로 심각한 혼선을 초래했다는 이유에서 비롯됐다. 임 당선인 측은 비대위 운영과 관련하여 "임 당선인이 추구하는 방향"이 있음을 강조했으나, 구체적인 배치 사례에 대해서는 언급하지 않았다.

특히 의대 정원 문제를 둘러싼 차기 회장과 비대위 간의 시각 차이는 눈에 띄게 드러났다. 임 당선인은 보건복지부의 고위 관계자 파면을 전제로 정부와의 대화를 강조한 반면, 비대위는 이러한 전제 조건을 설정할 필요가 없다고 명확히 선을 그었다. 또한, 임 당선인이 회원의 피해 발생 시 총파업을 언급한 것과 달리, 비대위는 총파업 여부를 전 회원 투표로 결정하겠다는 입장을 견지하고 있다.

의대 정원 문제의 '1년 유예안'에 대한 입장 차이도 분명하다. 이 안은 비대위 김성근 언론홍보위원장의 제안으로, 2025년도 의대 정원 증원을 한 해 동안 유예하고, 이 기간에 의대 정원 문제를 재논의하기로 한 것이다. 김 위원장은 정부와 함께 이 문제를 구체적으로 논의할 위원회 구성을 제안했다. 반면, 임 당선인은 이 1년 유예 제안이 의료계가 요구해 온 원점 재논의와는 거리가 멀다고 보고, 비대위의 이러한 접근 방식을 문제 삼았다.

대한전공의협의회와 윤석열 대통령 간의 대화도 양측 간의 이견을 드러내는 사례 중 하나다. 비대위는 윤 대통령과의 만남을 긍정적으로 평가했으나, 임 당선인은 이러한 접근 방식에 대해 회의적인 견해를 표명했다. 임 당선인은 이 만남이 본인이 원하는 방식과는 달랐다며, 이러한 상황에서 전공의협의회가 대통령을 만나러 갈 것이라고는 생각하지 않았다고 밝혔다.