지난해 의정 갈등으로 대형병원들의 경영난이 심화되면서, 고유목적사업준비금의 활용 방안이 주요 쟁점으로 떠오르며 논란이 일었다.

그러나 기획재정부는 보건복지부 장관의 특례 필요성 언급에도 불구하고 고유목적사업준비금의 유용 가능성을 차단하는 방향으로 제도를 강화했다. 기재부는 최근 법인세법 시행령 개정안을 입법예고하며 비영리법인 인건비 한도 적용 대상을 대폭 확대했다.

기존 법령은 비영리법인들이 수익사업 소득의 50%를 초과하는 고유목적사업준비금을 손금산입한 경우 인건비 한도를 적용했으나, 개정안은 이 대상을 직전 5개 사업연도를 기준으로 확대하였다.

이로 인해 고유목적사업준비금을 과다하게 인건비로 책정하는 행태를 방지하려는 의도다. 특히 임직원 1명 당 8000만원 이상의 인건비에 대해서는 고유목적 지출로 인정하지 않는다.

의료법인의 경우 고유목적사업준비금을 인건비에 사용할 수 없다는 점이 명확히 규정되어 있다. 의료법인은 고유목적사업준비금을 병원 건물, 의료기기, 의료정보시스템 등에만 사용할 수 있으며, 이를 인건비 등 용도로 사용할 경우 '용도 외 사용'으로 간주되어 세금 부과가 이루어진다.

병원들에서는 경영난을 해소하기 위해 고유목적사업준비금을 인건비 등으로 활용할 수 있도록 제한을 풀어야 한다는 주장이 커지고 있다. 국민의힘 한지아 의원은 "경영이 정상화될 때까지 한시적으로 고유목적사업준비금을 인건비에 사용할 수 있도록 법인세법 시행령을 개정해야 한다"고 말했다.

더불어민주당 백혜련 의원 역시 "대학병원들이 분원 설립에 고유목적사업준비금을 사용하는 것보다는 전공의 복귀를 위한 급여 인상과 처우 개선에 사용하는 것이 합당하다"고 주장했다.

보건복지부 조규홍 장관은 "비상 상황인 만큼 고유목적사업준비금의 인건비 제한을 한시적으로 풀어주는 것이 필요하지만, 기재부의 반대가 강하다"고 밝혔다. 조 장관은 "적극적으로 협의해서 방법을 찾겠다"고 언급했으나, 기재부는 이를 수용하지 않으며 개정안을 더욱 강화한 상태다.

기재부 관계자는 "의료계에서 고유목적사업준비금 활용 범위 확대를 요구하고 있지만, 이는 제도 취지에 어긋난다"며 거부 입장을 분명히 했다.